过年晚来被扣年终奖的处理，可能受以下特殊情况影响。
1. 晚来天数属法定假期或公司批准的年假：若员工晚来是因法定春节延长假期、婚假等法定假期，或提前向公司申请年假并获批，即便公司规则约定“晚来扣年终奖”，该约定也因违反法律规定而无效，公司不得扣发年终奖。
2. 公司规则未明确“晚来天数标准”：若规则仅模糊写“过年晚来扣年终奖”，未明确晚来1天/3天/5天属扣发情形，员工实际仅晚来1天且未影响工作，公司以此扣发年终奖的行为因规则不明确而不合法，需按约定发放年终奖。
3. 公司以往惯例未因晚来扣年终奖：若公司往年对员工过年晚来1-2天未扣发年终奖，今年突然扣发且未提前告知规则变更，则员工可主张公司遵循以往惯例，要求发放年终奖。
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过年晚来被扣年终奖，可能存在以下法律风险。
1. 劳动报酬权受损风险：若公司无合法依据扣发年终奖，员工的劳动报酬权直接受侵害。例如：公司仅口头说“晚来扣年终奖”，但无书面规则，员工实际符合年终奖发放条件却被扣除，导致少拿数万元劳动报酬。
2. 证据链断裂风险：员工未留存晚来天数的考勤记录、公司规则文件，后续维权时无法证明公司扣发行为违法。例如：公司主张员工晚来3天属违纪，但员工无法提供考勤记录证明实际仅晚来1天且属补休，导致仲裁败诉。
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过年晚来几天是否影响年终奖被扣，需结合公司规定与法律要求综合判断。
过年晚来几天是否影响年终奖被扣，关键看公司年终奖发放规则是否合法且明确约定此情形。
1. 若公司年终奖发放规则经民主程序制定、公示且明确约定“过年晚来X天（非法定假期）属于缺勤/违纪，取消年终奖资格”：则晚来可能触发扣发条件，符合规则的情况下公司有权按约定执行。
2. 若公司无明确年终奖发放规则，或规则未提及“过年晚来”与年终奖的关联：则公司不能仅因晚来几天随意扣发年终奖，需按劳动合同或以往惯例发放。
3. 若晚来天数属于法定春节假期（如公司提前放假后要求提前返岗，员工按法定假期休息）：则晚来属合法休假，公司扣发年终奖违法。
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公司以过年晚来为由扣发年终奖的合法性，需依据《劳动法》《劳动合同法》的核心条款判断。
《中华人民共和国劳动法》第四十七条规定：“用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。”此条款赋予用人单位工资分配自主权，但需符合法律程序要求。同时，《劳动合同法》第四条明确，直接涉及劳动者切身利益的规章制度需经民主程序制定、公示或告知劳动者。
若公司将“过年晚来扣年终奖”写入合法有效的规章制度：则需确认该规则是否明确晚来天数、违纪定性及年终奖扣发的直接关联；若规则未经民主程序或未公示，则即便约定晚来扣年终奖，也因规则违法而无效，公司扣发行为不合法。

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